淺談PCR反應(yīng)體系構(gòu)建設(shè)計中的重要要素--引物
點(diǎn)擊次數(shù):1465次 更新時間:2020-11-11
PCR具有突出的優(yōu)勢,如特異性,靈敏度,高產(chǎn)率,快速,簡便,可重復(fù)性好,易于自動化。它可以在試管中分析待研究的靶基因,或者可以在幾個小時內(nèi)將某個基因片段擴(kuò)增到十萬甚至一百萬次,使肉眼可以直接觀察判斷。從頭發(fā),一滴血甚至是細(xì)胞中提取的DNA都可以擴(kuò)增出足夠數(shù)量的DNA用于分析研究和測試鑒定。PCR技術(shù)是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的一項(xiàng)舉措和里程碑。因此,PCR反應(yīng)體系構(gòu)建是非常必要的。
PCR反應(yīng)的五個要素:參與PCR反應(yīng)的五種主要物質(zhì),即引物,酶,dNTP,模板和Mg2+。引物是在PCR反應(yīng)體系構(gòu)建特定反應(yīng)的關(guān)鍵。PCR產(chǎn)物的特異性取決于引物和模板DNA之間的互補(bǔ)程度。從理論上講,只要您知道任何模板DNA序列,就可以設(shè)計一條互補(bǔ)的寡核苷酸鏈作為引物,并使用PCR在體外擴(kuò)增模板DNA。
PCR反應(yīng)體系構(gòu)建設(shè)計中引物應(yīng)遵循什么原則?
1、引物長度:15-30bp,通常在20bp左右;
2、引物擴(kuò)增范圍:200-500bp為宜,具體條件可擴(kuò)增大10kb的片段;
3、引物堿基:40%-60%的G+C含量合適,G+C太少,擴(kuò)增效果差,G+C太容易出現(xiàn)非特異性條帶。ATGC是隨機(jī)分布的,避免了5種以上的電子核苷酸嘯叫或字符串排列;
4、避免引物的二級結(jié)構(gòu),避免兩個引物之間的互補(bǔ),尤其是3'末端互補(bǔ),否則會形成引物二聚體以產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增條帶;
5、引物3'末端的堿基,尤其是后一個和倒數(shù)第二個堿基,應(yīng)嚴(yán)格配對,以避免末端堿基的堿基錯配導(dǎo)致PCR失敗。
6、引物具有或可以加入合適的限制位點(diǎn)。擴(kuò)增的靶序列應(yīng)具有合適的限制位點(diǎn)。這適合進(jìn)行限制性分析或分子克隆非常有益;
7、引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫中的其他序列沒有明顯的同源性。